Únicamente San Juan del Río tiene fuentes de abastecimiento con cumplimientos de entre 81 y 100 por ciento en la calidad del agua, mientras que Huimilpan, Pedro Escobedo, San Joaquín y Landa de Matamoros no cuentan con información al respecto
Las fuentes de abastecimiento de agua potable en 13 de los 18 municipios de Querétaro presentan mala calidad por la infiltración de aguas residuales o la intrusión salina, según el reporte generado por el Instituto Mexicano de Tecnología del Agua (IMTA), en conjunto con la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH): Cuatro municipios no cuentan con información al respecto y sólo uno presenta buena calidad.
En el análisis realizado a través de la colaboración de la CNDH y el IMTA, el porcentaje de cumplimiento en la calidad de agua para consumo humano es más bajo en municipios como Ezequiel Montes, Corregidora y Tolimán, con rangos de 0 en el primer caso y de 1 a 20, en los otros dos, según los indicadores mencionados. Querétaro, El Marqués, Colón, Tequisquiapan, Arroyo Seco y Amealco presentan cumplimientos en la calidad de agua entre 21 y 40 por ciento; Cadereyta y Peñamiller reportaron cumplimientos de 41 a 60 y Pinal y Jalpan en el rango de 61 a 80.
Según el análisis de la intrusión de este tipo de contaminantes, únicamente San Juan del Río tiene fuentes de abastecimiento con cumplimientos de entre 81 y 100 por ciento en la calidad del agua, mientras que Huimilpan, Pedro Escobedo, San Joaquín y Landa de Matamoros no cuentan con información al respecto.
La presencia de sales, detalla el documento, también puede estar vinculada a la sobreexplotación de mantos freáticos, sin embargo, no precisa en el análisis la causa de los incumplimientos por calidad en las fuentes de abastecimiento de cada municipio.
Según el reporte de monitoreo en la calidad de agua subterránea de la Comisión Nacional del Agua (Conagua), actualizado al 2020, dos pozos de seis que fueron analizados en el estado, presentan altos grados de contaminación: uno de ellos, ubicado en San Juan del Río, presenta alta presencia de fluoruros, el otro está ubicado en Tolimán y registró el mismo tipo de contaminantes, además de tener alcalinidad indeseable para el abastecimiento.