Cadereyta, Tolimán, Colón, Ezequiel Montes, Querétaro, Corregidora, San Juan del Río, El Marqués, Tequisquiapan y Amealco concentran las afluentes o vasos captadores con mayor grado de contaminación.
Al menos 29 de 34 puntos de monitoreo de la calidad del agua superficial del estado reportan altos índices de contaminación, según los datos del Sistema Nacional de Información del Agua (SNIA); entre estos, destacan cinco presas de la entidad, dos de ellas ubicadas en Cadereyta. Tolimán, Colón, Ezequiel Montes, Cadereyta, Querétaro, Corregidora, San Juan del Río, El Marqués, Tequisquiapan y Amealco, que concentran las afluentes o vasos captadores con mayor grado de contaminación, principalmente por la presencia de bacterias, restos fecales y, en algunos sitios, metales pesados.
El reporte actualizado del SNIA indica que entre los puntos de monitoreo identificados con agua superficial fuertemente contaminada destacan la Presa Santa Catarina, ubicada en Querétaro; la Presa El Batán, de Corregidora; la presa Constitución 1917, de San Juan del Río; así como Infiernillo y Zimapán, ambas ubicadas en la zona limítrofe de Cadereyta con el estado de Hidalgo.
De igual manera, registran altos índices de contaminación el arroyo de Bernal; el río San Juan en el tramo de San Pedro Ahuacatlán hasta la presa Centenario; y otras afluentes ubicadas en Colón, San Pablo Tolimán, El Marqués y Amealco.