El proyecto del Tren México-Querétaro es compatible con los planes de desarrollo regionales de Querétaro, Hidalgo, Estado de México y Ciudad de México, aunque se prevé que tenga 328 impactos, de los cuales 279 son interacciones de naturaleza adversa y 49 de naturaleza benéfica, esto de acuerdo con la Manifestación de Impacto Ambiental-Regional, Vía Férrea Ciudad de México-Querétaro.
Asimismo, el documento reconoce un impacto menor en la Región Hidrológica Prioritaria de Jilotepec-Ixtlahuacán, pero señala que el proyecto cuenta con medidas de prevención y mitigación que ayudará a prevenir cualquier impacto ambiental. El documento señala que también se cumple con la normatividad ambiental vigente, pero se menciona afectaciones en la remoción de vegetación que genera un impacto en la infiltración de agua al subsuelo y el desplazamiento de especia nativas de fauna.
Emisiones
También se consideran impactos antrópicos por la generación de residuos, emisión de gases de efecto invernadero, generación de polvos, ruido y vibraciones. En el caso de Querétaro se menciona que se identificaron pasos potenciales para fauna, que pudieran estar presente en las áreas naturales del Cimatario, el Tángano y Peña Colorada.
Restauración ecológica
Se precisa la implementación de un Programa de Restauración Ecológica con especies nativas en área degradada dentro del Sistema Ambiental Regional, para mitigar la erosión del suelo, promover la infiltración hídrica y recuperar los servicios ambientales de las zonas afectadas.
Cabe señalar que la mayoría de los impactos se identifican para las fases de preparación, construcción y operación, las cuales son manejables de acuerdo con las estrategias de mitigación que presentaron los encargados del proyecto.