La avenida sobresale no por sus jardines y cafés, restaurantes o infraestructura más que por su pestilencia. El que fue alguna vez un afluente para dar de beber vida a seres del campo como vacas y caballos hoy es prácticamente un drenaje y botadero en el que los únicos animales presentes son las tortugas que se han adaptado a la alta contaminación del agua y los gatos y perros muertos que echan al río. Una vena de la ciudad que es reflejo y esencia de su naturaleza.
Corren basura y agua turbia con mal olor por el Río Querétaro, que pasa por el centro de Avenida Universidad: Una situación con la que los habitantes de las zonas aledañas han tenido que aprender a vivir. El 9 de noviembre de 2023 se anunció un proyecto de saneamiento del río que se realizaría por etapas con una inversión de $5 millones de pesos por parte de la Comisión Estatal de Aguas (CEA). Hasta ahora no se observa un cambio en el río.